Uma das melhores coisas no cPanel, é a possibilidade de descompactar arquivos zipados (.zip, .tar.gz, etc...). Você se pergunta: "Mas qual a diferença entre enviar compactado e enviar já descompactado (a pasta, normal)?"
Resposta: "A velocidade é muito maior e economiza tempo, dependendo da pasta com os arquivos."

Um bom exemplo, é que se você for enviar um script com mais de 500 arquivos .php, você leva muito tempo, mesmo se cada arquivo tiver 1 KB. Tendo 1 KB cada arquivo, serão 500 KB ao todo, o que levaria MUITO POUCO TEMPO se a pasta estiver compactada.

Veja abaixo como proceder:

1º - Compacte a pasta com os arquivos em .zip, .tar.gz. tar e dependendo (não provável) com .rar;
2º - Envie o arquivo.zip para a pasta /public_html de seu FTP;
3º - Entre em seu cPanel, clique em "Gerenciador de Arquivos", navegue até a pasta onde está seu arquivo.zip;
4º - Agora clique no arquivo.zip. Ao lado direito da tela, aparecem algumas opções do arquivo, dentre elas, clique em "Extract File Contents" ou em português "Extrair Conteúdo dos Arquivos".

Pronto! 

Sua pasta estará deszipada e com todos os arquivos certos...agora dê uma ajeitada, pois poderá estar assim: /public_html/arquivo/arquivo e o correto é /public_html/arquivo, apenas mova, dependendo de como esteja...